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● FAT16的缺點

• 磁盤分區最大只能到2GB。因此從Win98系統開始，FAT16已經基本被FAT32所取代，但當時U盤剛剛起步，容量多為64MB、128MB，其默認分區只能是FAT16；
• 使用簇的大小不恰當。試想，如果一個只有1KB大小的文件放置在一個1000MB的磁盤分區中，它所占的空間并不是1KB，而是16KB，足足浪費了15KB！一般文本文檔及HTML碎文件的體積多是個位數，如果用來存儲這些文件的話，空間浪費就極為嚴重了。

能解決這兩個問題的，就是FAT32文件系統了。

● FAT32文件系統

FAT32使用4個字節（也就是32位）的空間來表示每個扇區(Sector)配置文件的情形，故稱之為FAT32。FAT16的分區容量上限是2047MB，而FAT32的分區容量下限是512MB，不同操作系統的上限不同，例如Win2000最大支持32GB FAT32分區，而WinXP最大可達2TB FAT32分區。

FAT32相比FAT16，優點如下：

• 可支持大于2GB的分區。最大可達2TB，即便是目前最大容量的硬盤都能支持，更別說U盤了；
• 空間利用率更高。FAT32采用了更小的簇，可以更有效率的保存數據，比如兩個分區大小都為2GB，一個分區采用了FAT16文件系統，另一個分區采用了FAT32文件系統。采用FAT16的分區的簇大小為32KB，而FAT32分區的簇只有4KB的大小。這樣在存儲碎文件時FAT32就比FAT16的存儲效率要高很多，通常情況下可以提高15%。
• 安全新更好。FAT32文件系統可以重新定位根目錄和使用備份副本。另外FAT32分區的啟動記錄被包含在一個含有關鍵數據的結構中，減少了計算機系統崩潰的可能性。
• 靈活性更高。FAT32分區上的根文件夾是普通的簇鏈，因此它可以位于驅動器上的任何位置。以前對根文件夾數量的限制不復存在。此外，可以禁用文件分配表鏡像，這樣就可以讓文件分配表的副本而不是讓第一個文件分配表處于活動狀態。這些功能允許您動態重調FAT32分區的大小。不過要注意，雖然FAT32的設計允許這一功能，但微軟自己的分區軟件不支持此功能，需要使用第三方分區軟件。